Située à un carrefour de trois voies antiques, Bonny a des origines très anciennes (depuis l’occupation néolithique).
A l’époque mérovingienne, Aunaire, Evêque d’Auxerre, distribue des reliques de St Pierre et de St Paul aux nouvelles églises de son diocèse dont Bonny qui n’avait pas encore cette orthographe ; une hypothèse accorde l’origine au gaulois Bonos romanisée en Boniacum et ensuite déclinée en Bonneia puis Bonnay pour devenir Bonny beaucoup plus tard.
Sous l’administration carolingienne, Bonny devient une paroisse et passe au domaine royal.
Lors des invasions normandes, au 9ème siècle, un fossé est creusé autour de l’église et du château, un mur est érigé.
La féodalité instituée, l’ensemble fortifié devient une seigneurie épiscopale rattachée à l’Evêché d’Auxerre. Bonny se développe au cours des grands pélerinages (Jerusalem, St Jacques de Compostelle…).
Fondé par des moines, le prieuré est adossé à l’église et dépend de la Charité sur Loire en 1107.
Sous Philippe Auguste, Bonny dotée d’une enceinte fortifiée reçoit le statut de ville. Hauts de 6 m, ces remparts comptent 9 tours et 4 portes : «la Feuillée», la porte de Paris, la porte de Poiseaux et la primitive porte de Lyon.
Sont alors construits la maladrerie-léproserie du Portail, la chapelle St Marc qui donnera lieu à des processions, le moulin de la Fontaine, la pêcherie et commence l’édification de l’église Saint Aignan. Au 13ème siècle, les coteaux de Bonny sont couverts de vignes et le négoce de vins bat son plein.
A la fin du 14ème siècle, Bonny a un grenier à sel institué en raison de la gabelle (démoli au 18ème S). La congrégation de la Charité est en déclin ; le prieuré ne compte plus que quelques religieux qui s’installent à la Maison prieurale bâtie à leur intention par Guillaume de Damas, à la pointe Nord de la Ville.
La libération de Bonny en 1429, par l’Amiral de Culant, bras droit de Jeanne d’Arc, cause de sérieux dommages à l’église St Pierre St Paul et au prieuré incendiés ; la tour de Puisaye est détruite.
Bonny renaît de ses cendres à la Renaissance. Les foires sont rétablies et « la Teste noyre » sert de premier relais de poste à chevaux sur l’itinéraire Paris-Lyon. Le 1er mai 1480, Bonny reçoit Louis XI. Bonny est l’une des étapes des «Postes assises» fournissant des chevaux frais toutes les 7 lieues. L’église St Pierre St Paul est réparée et le bas-côté gauche de l’église St Aignan est construit en « style français » soulignant l’élégance et l’ornementation des lignes architecturales. Les fortifications sont élargies et comptent 16 tours, plus une poterne.
Louis XII passe à plusieurs reprises à Bonny. Dom Paule de la Plâtière, prieur, reconstruit « la Bourgeoisie » maison du fief de la Villeneuve et fait édifier dans ce hameau la chapelle Ste Monique.
Le 16ème siècle est marqué par la reconstruction du cloître par Jean de la Magdeleine, prieur de La Charité sur Loire. Le linteau des portes de ce prieuré à colonnettes est orné de l’écusson représentant les armes de la famille de la Magdeleine de Ragny : d’hermine, à trois bandes de gueules chargées de 3, 5 et 3 coquilles d’or (armoiries reprises par la Commune de Bonny sur Loire) ; son neveu marié à Claude de Damas, Dame de Ragny, fait construire une gentilhommière à la Sablonnière.
Le 13 août 1523, Bonny aux maisons « tendues de tapisseries » accueille François 1er. De nombreuses hostelleries apparaissent : «la Fontaine», «Saint-Vincent», «la Corne au Cerf», «l’Ecu de France» et «l’Ancre».
Sous l’influence de Claude De Damas, des artistes viennent sculpter le «portail des Dignités» pièce maîtresse de l’église St Aignan, daté de 1543.
Bonny, lieu de passage du roi Henri II, a des voituriers par eau qui se livrent au négoce du bois et du fer. Les Bonnychons servent à leur table, avec fierté, le «cléret», un vin rouge supérieur.
La population ne cesse de croître ; aux moulins à eau s’ajoutent des moulins à vent.
Veuve, Claude De Damas se remarie avec Imbert de la Plâtière et transformera la demeure de son époux (au n° 3 et 5 de la rue du 14 juillet) en «Grand Hostel» avec des fenêtres à linteau et piédroits chanfreinés aux moulures très travaillées, dont l’une est ornée d’un cartouche, avec entrée principale pour carrosse côté Grande rue.
Après son apogée, Bonny amorce son déclin avec l es Guerres de Religion qui s’affectent profondément et ruinent son patrimoine. En avril 1562, les Huguenots se saisissent de Bonny et transforment l’église St Pierre St Paul en temple. Le cimetière des Huguenots est créé (il sera désaffecté en 1689). La ville est assiégée en 1568. Le cloître est détruit et l’église St Pierre St Paul sérieusement endommagée. La ville gravement éprouvée perd la protection de ses remparts dont une partie est béante.
A la fin du 16ème siècle, Bonny fait des efforts de reconstruction. Pour attirer la venue d’un receveur-fermier chargé de relever la recette de la seigneurie, une belle maison dite « le château » est construite vers 1600 ; l’emplacement du cloître disparaît de la vue de la population et se fait oublier. Henri IV passe à Bonny pour se rendre à Pougues les Eaux.
Bonny entre dans une phase d’intensification religieuse avec l’érection de croix. A partir de 1625, Bonny s’enchaîne à un cycle d’endettement qui ne cessera de croître. Toutefois, le vignoble est en plein essor.
Touchée par la Peste, puis par de terribles famines à la fin du 17ème siècle, Bonny ville de garnison reste encore ville d’étape (s’y arrêtent Racine, des pèlerins pour Rome, des artisans saisonniers…). Le vin est consommé et exporté en abondance.
Le 18ème siècle porte un coup décisif à Bonny. La crue de la Loire en 1707 anéantit les infrastructures. Le « Grand chemin » de Paris à Lyon ne dessert plus que le Bourbonnais et l’Auvergne, enlevant à Bonny son activité d’accueil. La population diminue. L’église St Pierre St Paul est réduite au rang de simple chapelle. Malgré ses efforts de redressement avec l’arrivée de nouvelles professions et l’installation de bourgeois, Bonny est éprouvée par le transfert de la brigade de la Maréchaussée à Briare et cesse d’avoir une garnison stable. La poste aux chevaux est supprimée. Le port de Neuvy doté d’un quai en 1785 ôte à Bonny tout espoir de débouché fluvial.
La Révolution achève le sort du prieuré vendu par lots après avoir servi d’école. La chapelle Ste Monique est rasée. La chapelle St Etienne de Baubigny , vers les Loups, et la Maison prieurale sont délaissées.
Chef-lieu de canton en février 1790, Bonny doit céder ce statut à Briare en plein développement avec le canal, en 1801.
Lorsqu’il se rend à Notre-Dame pour sacrer Napoléon 1er, le pape Pie VII s’arrête à Bonny où il donne sa bénédiction.
Après une série d’incendies criminels, une société d’agronomie est créée en 1834 ; Bonny sera à l’origine du 1er Comice Agricole du Loiret.
Le 7 décembre 1851, Bonny réagit très violemment au coup d’Etat du prince Napoléon futur Napoléon III. Un gendarme est tué accidentellement au cours de l’insurrection.
La navigation ligérienne disparaît au profit du chemin de fer. Les années 1856 et 1866 sont marquées par des crues dévastatrices et la sécheresse en 1863. Heureusement, la production du vin et du marc délectables ranime le moral des Bonnychons.
La municipalité détruit l’église St Pierre St Paul et édifie à son emplacement la mairie et l’école des garçons (aujourd’hui remplacés par la salle polyvalente), transfère le cimetière existant autour de l’église St Aignan pour aménager une place , ouvre une école pour les filles ainsi qu’une salle d’asile.
Après la vigne, on cultive le froment, l’orge, l’avoine, le seigle et le houblon. Bonny possède une brasserie, une vinaigrerie et une poterie.
La municipalité farouchement opposée à la Religion fera surnommer la commune « Bonny la rouge ».
Le 19ème siècle se termine avec les ravages du phylloxera et l’importation de cépages américains.
Au début du 20ème, le pont reliant Bonny et Beaulieu est construit (il sera détruit en 1940 et reconstruit après-guerre) . Au cours de ce siècle, Bonny engagera de nombreux travaux d’adduction d’eau, d’assainissement, de voirie, de patrimoine pour offrir à la population un confort quotidien.
Au 21ème siècle, les vestiges architecturaux sont les témoins d’une splendeur passée qui a fait place à des équipements modernes et adaptés à l’évolution de la société, tout en conservant un clin d’œil sur son histoire de ville médiévale.
